Avec la mise à jour vers la version 5.0.32-7 de MySQL sous Debian "Etch", je viens de découvrir qu'une petite ligne s'était ajoutée en fin du fichier de configuration /etc/mysql/my.cnf, à savoir :
# # * IMPORTANT: Additional settings that can override those from this file! # !includedir /etc/mysql/conf.d/
En ayant marre de reporter les réglages proposés par mon hébergeur pour la configuration de MySQL à chaque mise à jour de cette dernière, voilà de quoi me réjouir 
Donc, maintenant, on ne touche plus à /etc/mysql/my.cnf (sauf pour les options non surchargeables) mais on met les options dans un fichier présent dans /etc/mysql/conf.d/
Ex :
[mysqld] table_cache = 128 sort_buffer = 512K record_buffer = 512K myisam_sort_buffer_size = 16M query_cache_type = 1
Attention à bien préciser la section à laquelle se rapporte les variables que vous ajoutez (ici à mysqld )
Relancez MySQL et c'est bon
(ne me demandez pas la justification du tuning de MySQL - je l'ai pris en l'état et n'ai pas cherché plus loin)