Pour que l'authentification apache continue à fonctionner, il vous faut faire :

sudo a2enmod auth_basic 
sudo a2enmod authn_file
sudo a2enmod authz_default 
sudo a2enmod authz_user
sudo a2enmod authz_groupfile
sudo a2enmod authz_owner
sudo /etc/init.d/apache2 force-reload

Source : http://httpd.apache.org/docs/2.2/howto/auth.html

La directive DirectoryIndex a sauté dans le fichier de conf principal, je vous propose donc de créer un fichier /etc/apache2/conf.d/DirectoryIndex.conf contenant :

DirectoryIndex index.php index.html

Relancez apache et cela devrait aller mieux ensuite... ;-)